A háborúban az emberiség elsőszámú hadihajói a battlestarok voltak. Az utolsó, még a háborúban is szolgált ilyen battlestart, a Galacticát épp múzeummá készülnek alakítani, amikor minden előzetes figyelmeztetés nélkül támadnak a cylonok, akik az elmúlt 40 évben komoly fejlődésen mentek keresztül. Megtámadják mind a 12 kolóniát, a sorozatban azonban főleg Caprica bolygón véghez vitt pusztítást figyelhetjük meg. A történet több szálon fut: A Battlestar Galacticán, a Colonial 1-en és Capricán. Miután a támadás megkezdődik, az emberek menekülnek Capricáról, s így jut fel a Galacticára Gaius Baltar is akinek Helo átadja a helyét a Raptorján. Közben Laura Rosslin átveszi az elnöki posztot a Colonial 1-en, miután megtudja hogy ő a legmagasabb rangú élő politikus a kolóniákon. Összeszednek egy nagyobb civil hajóflottát,de ezen hajók nem mindegykike rendelkezik FTL (fénysebesség feletti ugrás) rendszerrel ezért mikor a cylonok támadnak csak az FTL rendszerrel rendelkező hajók menekülhetnek el,ami a flotta felének elvesztét jelenti.Ezek után a civil flotta találkozik a "Csillagközivel" egy hadianyagbázison. A bázison Adama kapitány összeakad egy cylonnal, akinek emberi külseje van, ami nem kis megrökönyödést, és újabb problémákat okoz a vezetés körében. Úgy döntenek, hogy egyelőre nem hozzák nyilvánosságra, hogy a cylonok valójában már emberi külsőt tudnak felvenni, mert pánikot okozhat.

Csaknem 40 év telt már el azóta, hogy az emberiség tizenkét kolóniája először találta magát szemben a Cylonokkal. Az akkori harcok során sikerült megszabadulni tőlük, ám most visszatértek, hogy kegyetlen tervüket végrehajtsák. Elűzték az embereket otthonaikból, és bolygóról bolygóra portyáznak a túlélők után, nyomukban halál és pusztulás jár. A Galaktika csillaghajó és maroknyi űrflottájának utasai (50 000 ember) a cylonok által elpusztított civilizáció utolsó túlélői, akik egy legendákból ismert bolygót keresnek, ahol letelepedhetnek és ahol új esélyt kaphat fajuk a fennmaradásra. A legendás bolygó neve: Föld. Útjuk során azonban tartaniuk kell attól, hogy a cylonok ismét rajtuk ütnek.